Verbreitungsschwerpunkte liegen in klimatisch begünstigten Lagen der Naturräume Ilm-Saale-Ohrdrufer-Platte, Paulinzellaer-Buntsandstein-Waldland, Saale-Sandsteinplatten mit Saaleaue, Zechsteingürtel Bad Liebenstein. Zusammenhängende Population bestehen nur noch im Saaletal und seinen Nebentälern. Restliche Vorkommen sind wohl Verbreitungsinseln. Wochenstuben / Sommerquartiere finden sich häufig in ruinösen Gebäuden, deshalb ist die Art stark gefährdet.

Auf der Grundlage der bekannten Vorkommen eine der am weitesten verbreiteten Arten. In fast allen wärmebegünstigten und strukturreichen Naturräumen nachgewiesen, in denen genügend (Laub-)Waldanteil vorhanden ist. Ausgeräumte Agrarlandschaften und die Höhenlagen der Mittelgebirge werden gemieden.

Die Kleine Bartfledermaus ist in Thüringen verbreitet, wobei aus Nordthüringen weniger Nachweise vorliegen. Sie ist in Dörfern mit strukturreichem Umfeld bis in die höheren Lagen des Thüringer Waldes und auch in den Ackerhügelländern anzutreffen. Quartiere liegen gerne in der Nähe kleinerer Fließgewässer.

Die Große Bartfledermaus ist in Thüringen selten. Die wenigen Funde konzentrieren sich auf gewässernahe Bereiche mit Schwerpunkt in den Mittelgebirgen.

Thüringen liegt im Arealzentrum der Art. Als Waldfledermaus ist sie jedoch nur schwer nachweisbar. Sommervorkommen werden überwiegend in trocken-warmen Laubmisch-wäldern gefunden. Die Nachweise stammen hauptsächlich aus Mittelgebirgs - Randlagen, Bundsandstein-Hügelländern sowie Muschel-kalk-Platten und - Bergländern.

Die Winterquartierbeobachtungen weisen auf ein weites Verbreitungsgebiet hin. Sie fehlt in den größeren Ackerbaugebieten in Mittel- und Nordostthüringen. Die wenigen bekannten Wochenstubenvorkommen liegen in den waldreichen Buntsandstein-Hügelländern, Muschelkalkplatten und -Bergländern.

Die Wasserfledermaus ist in Thüringen verbreitet, allerdings ist unklar, ob überall auch mit Fortpflanzungsvorkommen zu rechnen ist. Gewässerreichtum und baumhöhlenreiche Wälder bzw. Uferrandstreifen in Gewässernähe sind ausschlaggebend für die Verbreitung.

Die Teichfledermaus ist in Thüringen ein sporadischer Wintergast. Bislang gelangen nur wenige Einzelfunde weitab vom nördlich anschließenden Hauptverbreitungsgebiet. Im Zuge der Ausbreitung der Art ist jedoch mit einem regelmäßigeren Auftreten längs der großen Flusssysteme, vorzugsweise im Norden des Landes, zu rechnen.

Bislang sind nur die beiden Nachweise am Kyffhäuser und im Zeitzer Forst belegt.

In Thüringen weit verbreitet. Fehlt in den waldarmen Gebieten des Thüringer Beckens und in den Höhenlagen der Mittelgebirge.

Die Art kommt in allen Regionen Thüringens vor. Die Bestandsentwicklung ist in Thüringen nicht dokumentiert. Die Art zählt jedoch zu den nicht seltenen Arten.

Vereinzelte Detektornachweise liegen verstreut aus Thüringen vor. In Südthüringen wird die Art häufiger bei Nistkastenkontrollen gefunden.

Bis vor wenigen Jahren wurde die Art hauptsächlich durch Einflüge in Gebäude in Thüringen nachgewiesen, mittlerweile überwiegen jedoch die Nachweise als Totfund unter Windkraftanlagen. Die Funde verteilen sich, ohne dass eine Bevorzugung erkennbar ist. Bekannt sind auch Männchenquartiere .

Die Breitflügelfledermaus kommt auch in Thüringen vor allem in den Ebenen vor. Die Art ist sowohl im Sommerquartier als auch im Winterquartier schlecht erfassbar. Aufgrund der geringen Nachweiszahlen sind keine Aussagen zum Bestandstrend möglich.

In Thüringen selten. Die Vorkommen erstrecken sich fast ausschließlich auf die Mittelgebirgslagen, insbesondere im Schwarza-Sormitz-Gebiet. Die Art ist aber auch an der Ostflanke des Thüringer Waldes zu beobachten.

Kommt hier nur stellenweise vor, Verbreitungsschwerpunkten liegen im Altenburger Lößgebiet, der Helme-Unstrut-Niederung sowie den Vorländern von Thüringer Wald und Schiefergebirge. Die Art scheint in Ausbreitung zu sein, da mittlerweile auch aus früher nicht besiedelten Bereichen (z. B. Thüringer Becken) Nachweise vorliegen. Winterfunde dominieren, bislang sind nur wenige Wochenstuben bekannt. Bei den Winterquartieren ist eine Tendenz zu "Massenüberwinterungsquartieren" erkennbar.

Die Art kommt in weiten Teilen Thüringens vor, hat aber ihren Verbreitungsschwerpunkt in Südthüringen. Sie besiedelt bevorzugt Tallagen und wärmegetönte, trockene Bereiche. Ihr Fehlen im Thüringer Becken ist eine Kartierungslücke.

Das Braune Langohr ist in Thüringen weit verbreitet und relativ häufig. Obwohl flächendeckend verbreitet, gibt es jedoch wenig Nachweise aus Auen und Niederungen. Quartiere sind bevorzugt in waldreichen Tallagen der Mittelgebirge gefunden worden. Nachgewiesen sind meist Wochenstuben in Gebäuden (Kirchen) aber der Schwerpunkte der Verbreitung liegt in Wäldern.